Ngày xưa có một đôi vợ chồng già hiếm muộn con cái, phải đi ở cho nhà phú ông. Một hôm người vợ vào rừng đốn củi, bà thấy khát nước và muốn uống nước thì bỗng nhìn thấy một cái sọ dừa có rất nhiều nước. Bà liền uống hết và sau khi về nhà liền mang thai.
Không lâu sau, bà sinh ra một đứa bé kì dị, không có chân và không có tay, thân hình tròn như một sọ dừa. Ban đầu bà hơi sợ, nhưng thấy đứa bé biết nói và cũng là nắm ruột của mình sinh ra, nên bà quyết định giữ lại nuôi và đặt tên là Sọ Dừa. Đứa bé rất ngoan, thương mẹ vất vả, nên Sọ Dừa nhận chăn đàn bò nhà phú ông. Cậu chăn bò rất giỏi, con nào cũng béo mượt.
Ba cô con gái nhà phú ông thay nhau đưa cơm cho Sọ Dừa. Hai cô chị kênh kiệu thường hắt hủi Sọ Dừa, chỉ có cô út đối đãi với Sọ Dừa vô cùng tử tế. Ngày tháng cứ thế trôi qua, cô Út và Sọ Dừa đều quý mến nhau. Sọ Dừa nhờ mẹ đến nhà phú ông hỏi cưới cô Út. Phú ông xem thường liền thách cưới thật lớn nhưng Sọ Dừa giúp Mẹ đem đầy đủ lễ vật thách cưới sang.
Phú ông đành phải đồng ý gả cô Út cho Sọ Dừa. Vào ngày cưới, Sọ Dừa bỗng hiện nguyên hình là một chàng trai khôi ngô và tuấn tú, khiến hai cô chị vô cùng ghen tức. Nhờ chăm chi đèn sách Sọ Dừa thi đỗ trạng nguyên và được nhà vua cử đi sứ nước ngoài.
Trước khi đi chàng đưa cho vợ một hòn đá lửa, một con dao và hai quả trứng gà để đề phòng tai hoạ. Sau khi Sọ Dừa đi vắng, hai người chị liền tìm cách hãm hại cô em út, họ đẩy cô xuống biển hòng cướp chồng của em. May mắn, nhờ có các đồ vật mà Sọ Dừa đã đưa cho, cô út thoát chết kỳ diệu và được chồng cứu trên đường đi sứ về.
Cuối cùng hai vợ chồng Sọ Dừa đoàn tụ sống hạnh phúc mãi mãi, còn hai cô chị xấu hổ quá bỏ nhà đi biệt tích.